Syeikh Muhammad dibesarkan dalam keluarga terpelajar dalam Bani Tamim yang bermazhab Hanbali. Ayahnya ketua jabatan agama setempat sementara datuknya pula qadi (mufti besar) bagi masyarakat menanyakan permasalahan agama. Dilahirkan dalam keluarga ulama', Syeikh Muhammad dididik dengan pendidikan agama oleh ayahnya. Sejak kecil lagi, Syeikh Muhammad sudah menampakkan kecerdasannya. Beliau tidak suka membuang masa dengan sia-sia. Berkat bimbingan keluarganya dan kecerdasan otak serta kerajinannya, Syeikh Muhammad berjaya menghafal Al-Qur’an sebelum berusia 10 tahun. Beliau diserahkan kepada para ulama setempat untuk mendalami Islam sebelum berkelana untuk belajar ke luar daerah.

Belajar di Makkah, Madinah dan Basrah

Setelah dewasa, Syeikh Muhammad diajak oleh ayahnya ke Mekah untuk mengerjakan haji. Selesai menunaikan haji, ayahnya terus pulang sementara Syeikh Muhammad terus tinggal di Mekah selama beberapa waktu sebelum berpindah ke Madinah untuk melanjutkan pengajiannya di sana.

Di Madinah, beliau berguru dengan dua orang ulama besar iaitu Syeikh Abdullah bin Ibrahim bin Saif An-Najdi dan Syeikh Muhammad Hayah Al-Sindi. Selama berada di Madinah, beliau sangat prihatin menyaksikan ramai umat Islam tempatan maupun pelawat dari luar kota Madinah yang melakukan perbuatan kesyirikan yang tidak sepatutnya dilakukan. Antaranya menziarahi maqam Nabi mahupun maqam lain untuk memohon syafa'at dan meminta hajat. Apa yang disaksikannya itu menurut Syeikh Muhammad sangat bertentangan dengan Islam.

Kesemua inilah yang mendorong Syeikh Muhammad untuk lebih mendalami pengkajiannya tentang ilmu tauhid dan aqidah salafiyah. Beliau berjanji pada dirinya sendiri, bahawa pada suatu ketika nanti, beliau akan mengadakan perbaikan (islah) dan pembaharuan (tajdid) dalam masalah yang berkaitan dengan ketauhidan, iaitu mengembalikan aqidah umat kepada sebersih-bersihnya tauhid yang jauh dari khurafat, tahyul dan bid’ah. Untuk itu, beliau mesti mendalami benar-benar tentang aqidah ini melalui kitab-kitab hasil karya ulama' besar di abad-abad yang silam.

Di antara karya-karya ulama' terdahulu yang paling terkesan dalam jiwanya adalah karya Ibnu Taimiyah. Besarnya pengaruh Ibnu Taimiyah dalam jiwanya sehinggakan Syeikh Muhammad dilihat sebagai salinan Ibnu Taimiyah khususnya dalam aspek ketauhidan.

Setelah beberapa lama menetap di Mekah dan Madinah, beliau berpindah ke Basrah. Di sana, beliau bermukim lebih lama sehingga banyak ilmu-ilmu yang diperolehinya, terutaman di bidang hadith dan musthalahnya, fiqh dan ushul fiqhnya, gramatika (ilmu qawa’id) dan lughatnya.